Database: V serverovém módu dokáže databázový systém HyperSQL pracovat s více databázemi. Název může být buď alias databáze, nebo cesta k souboru s databází na serveru (bez přípony .script).

Schema: Databáze může být složena z několika schémat obsahujících data (tabulky), přičemž DataFlyer pracuje pouze se záznamy z vybraného schématu. Výchozí hodnota pro databázi HyperSQL je public.